A partir des années 2000, le Cota développe une approche de l’appui-conseil centrée sur les connaissances des acteurs et leurs capacités d’autodétermination. Les logiques d’interaction, les rapports de force et la diversité des intérêts entre groupes sociaux et individus sont davantage pris en compte. Le Cota développe alors des travaux de recherches-actions sur différentes thématiques transversales, comme celles du partenariat Nord-Sud ou de la légitimité des OSC.