Dans les années 1990, le Cota étoffe sa palette méthodologique (étude, travaux de recherche-action, information/documentation, formation et évaluation) et thématique (développement rural, gestion des ressources naturelles, coopération décentralisée, commerce équitable, énergies alternatives, etc.). Le Cota contribue notamment à la création de l’Association pour la Promotion des Energies Renouvelables (APERE), participant ainsi à l’émergence d’une conscience environnementale.